Biopankin näytekokoelmat

Tampereen Biopankissa on kerättynä laaja ja monipuolinen valikoima erilaisia näytetyyppejä biolääketieteellisen tutkimuksen ja tuotekehityksen tarpeisiin.

Alla listattuna biopankista saatavilla olevat eri näytelaadut yksityiskohtaisine tietoineen. Näyteaineistot löytyvät myös Fingenious Kohortit -sovelluksesta fingenious.fi-sivuilta.

1. Verinäytteet (EDTA-kokoveri, seerumi, EDTA-plasma)

N=51 000 eri henkilöltä vuosilta 2016−2023.

• Verinäytekokoelma on jaoteltavissa muun muassa erilaisten diagnoosikriteerien mukaisesti.
• Neuvolakeräyksen yhteydessä kerättyjä verinäytteitä on 4 500 henkilöltä. Näytteet on kerätty odottavilta äideiltä raskauden ensimmäisen kolmanneksen aikana. Osa henkilöistä on ensisynnyttäjiä ja osa on synnyttänyt jo aiemmin, joten samalta henkilöltä voi olla useammat biopankkinäytteet.
• Alaikäisten näytteitä 50 eri henkilöltä.
• Seerumi- ja plasmanäytteet on kerätty kylmäketjua hyödyntäen eli niitä on säilytetty ja käsitelty +4 ℃:ssa keräyksestä varastointiin asti. 
• Seerumi- ja EDTA-plasmanäytteet jaetaan neljään 300-450µl alierään. Näytteiden alierät säilötään ensin -75 ℃:ssa ja pitkäaikaissäilytys tapahtuu nestetyppisäiliöissä -196 ℃ lämpötilassa.
• EDTA-kokoverinäytteitä, jotka on säilytetty kokoverenä, on n. 16 000 eri henkilöltä. Näyte on siirretty yhteen alieräputkeen, jonka tilavuus vaihtelee 800 µl−2700 µl välillä. Näytteet säilötään ensin -75 ℃:ssa ja pitkäaikaissäilytys tapahtuu nestetyppisäiliöissä (-196 ℃).
• EDTA-kokoverinäytteistä osa on valikoitu DNA-eristykseen. Eristettyjä DNA-näytteitä on tällä hetkellä noin 36 000 eri henkilöltä. DNA eristetään pakastetusta näytteestä. Eristetyistä näytteistä on ns. stock-putki konsentroitua DNA:ta (volyymi 270–320 µl) ja 1–3 alieräputkea normalisoitua DNA:ta (50 ng/µl), volyymit 80–500 µl.

2. Tuorekudosnäytteet

Erilaisten syöpätyyppien pakastettuja tuorenäytteitä on noin 900 potilaalta. Laadukas kokoelma tuorekudoksia, jotka on säilötty pikajäädyttämällä ne tuoreena isopentaanissa, ja tämän jälkeen valvotuissa olosuhteissa -75 ℃:n lämpötilassa.

Näytteiden kylmäiskemia-aikaa seurataan rutiininomaisesti, ja niiden edustavuus on patologin varmistama. Näytteitä kerätään gastroenterologian, gynekologian, urologian ja rintasyöpien erikoisaloilla. Erityisen kattavat tuorekudoskokoelmat on kerätty urologian ja rintasyöpien erikoisaloilta.

• Gastroenterologia, noin 100 tuorekudosmäytettä
• Gynekologia, noin 100 tuorekudosnäytettä
• Urologia, noin 350 tuorekudosnäytettä
• Rintasyöpä, noin 250 tuorekudosnäytettä

3. ctDNA-näytteet

N= noin 2000 eri henkilöltä

ctDNA-näytteet ovat syöpäpotilailta tuorekudosnäytekeräyksen yhteydessä kerättyjä nestebiopsiaverinäytteitä. Näytteestä erotellaan kaksi plasma-alierää, sekä kaksi alierää, jossa on näytteen buffycoat ja punasolufraktio. Näytteet on kerätty ennen leikkausta, jolloin potilaan veressä ovat vielä jäljellä syövälle ominaiset somaattiset mutaatiot ja epigeneettiset muutokset. ctDNA-plasmanäytteen tilavuus on n. 4–4,5 ml. 

Tutkimuskohtaisena keräyksenä on mahdollista kerätä myös ctDNA2-näyte leikkauksen jälkeen, esimerkiksi leikkauksen jälkeisten seurantaverikokeiden yhteydessä, eri aikapisteissä. Tämä mahdollistaa hoitovasteen tutkimisen potilaan verestä.  

4. Likvorinäytteet

Diagnostiikan yhteydessä kerätyt cerebrospinal fluid (CSF) -näytteet. Näytteitä on noin 200 eri henkilöiltä. Likvorikeräyksen yhteydessä on kerätty myös seeruminäytteet, joita on yhteensä 1 100 eri henkilöltä. Näytteet on säilytetty ensin -75 ℃:ssa. Näytteet sulatetaan +4 ℃:ssa, jaetaan alieriin (volyymi 200−450µl) ja pakastetaan uudelleen -75 ℃:een.

5. FFPE-kudosblokit

Kokoelma sisältää Pirhan patologian diagnostisia kudosnäytteitä yli 400 000 henkilöltä muodostaen yli 3,4 miljoonan näytteen kokoelman. Näytteet ovat parafiiniin valettuja kudosnäytteitä ja niitä on kerätty vuodesta 1963 alkaen. Näistä näytteistä noin 8 prosenttia (270 000 kpl) on syöpänäytteitä.

1.1.1963–31.8.2013 kerätty PSHP:n diagnostinen kudosnäytekokoelma siirrettiin lähes kokonaisuudessaan biopankin haltuun yleisellä tiedonannolla. Biopankkilain voimaan astumisesta (1.9.2013) lähtien kerätyt näytteet ovat käytettävissä biopankkisuostumukseen perustuen. Näytteet on arkistoitu niiden vaatimien olosuhteiden mukaisesti eli kuivassa ja huoneenlämmössä Pirhan ja Fimlab patologian diagnostiikan vaatimusten mukaisesti.

6. Genetiikan näytekokoelma

Kokoelma sisältää diagnostisia veri-, solu- ja kudosnäytteitä noin 10 000 henkilöltä, yhteensä noin 30 000 näytettä.

Näytetyypit: luuydin, veri, lapsivesi, istukka, kudos, tuumori.

Näytemuodot ja säilytyslämpötilat: DNA (-80 °C), RNA (-80 °C), mononukleaariset solut (-80 °C), kudospalat (-80 °C), viljellyt solut (-196 °C)

Näytteet on kerätty aikavälillä 1.1.1990−31.8.2013, ja kokoelma siirtyy biopankkiin vaiheittain vuoteen 2025 mennessä.