OMOP-tietomalli on Pirhassakin käytössä

Laajasti kansainvälisesti käytetty OMOP on tutkimukseen tarkoitettu tietomalli, jonka tarkoituksena on helpottaa erityisesti kansainvälistä tutkimusta. Teimme tutkimuksen tietoaltaaseen tietomallia hyödyntävän tutkimustietokannan Taysin tiedoista.

OMOP on laajasti kansainvälisesti käytetty tutkimukseen tarkoitettu tietomalli, jonka tarkoituksena on helpottaa erityisesti kansainvälistä tutkimusta. 

Eri sairaaloiden ja maiden lähdejärjestelmissä paikallisilla kielillä ja koodistoilla ilmaistu data järjestetään ja harmonisoidaan koneellisesti OMOP-muotoiseksi yksinkertaistetuksi aineistoksi.

Kansainvälisesti yhdenmukaista dataa on suoraviivaista analysoida tutkimuksissa, kun dataa ei tarvitse enää analyysivaiheessa kääntää ja tulkita.

Mitä teimme?

Tutkimuksen informatiikkapalvelut muodostivat tutkimuksen tietoaltaaseen OMOP-tietomallia hyödyntävän tutkimustietokannan Taysin erikoissairaanhoidon tiedoista.

OMOP-kantaan on tallennettu muun muassa käynnit ja osastohoidot, diagnoosit, toimenpiteet ja laboratoriotutkimukset. Kantaan ei ole tallennettu tarpeetonta henkilötietoa, vaan henkilötunnisteet on korvattu pseudonyymeillä.

OMOP-dataa ei luovuteta sellaisenaan organisaation ulkopuolelle, vaan tutkimuskäytössä analyysit tehdään paikallisesti. Taysin ulkopuolelle luovutetaan tietoluvan mukaisesti ainoastaan aggregoitua summadataa, josta yksilöitä ei ole tunnistettavissa.

Tutkimuksen informatiikkapalvelut ovat osallistuneet Taysin OMOP-hankkeen kaikkiin vaiheisiin ETL-työn suunnittelusta ja sanastokäännöksistä alkaen. Osallistumme OMOP-yhteistyöhön osana FinOMOP-, DARWIN EU- ja EHDEN-verkostoja.

Ensimmäinen versio Taysin OMOP-kannasta valmistui joulukuussa 2023 ja sen kehittäminen jatkuu edelleen.